Maria Theresia trong trang phục một góa phụ năm 1773, họa phẩm của Anton von Maron. Hòa bình giữ vương miện ô liu trên đầu bà, tái khẳng định tình trạng quân chủ Maria Theresia. Đây là bức chân dung công khai cuối cùng của Maria Theresia.[146]

Hoàng đế Franz qua đời ngày 18 tháng 8 năm 1765, trong khi ông và triều đình đang ở Innsbruck để tổ chức đám cưới cho con trai thứ hai, Leopold. Maria Theresia bị suy sụp tinh thần. Con trai lớn nhất của họ, Joseph, trở thành Hoàng đế. Maria Theresia bỏ hết tất cả đồ trang sức, cắt phăng mái tóc cho ngắn đi, sơn màu đen cho căn phòng và mặc áo tang trong suốt quãng đời còn lại. Bà hoàn toàn rút lui khỏi triều đình, các sự kiện công cộng và các buổi xem hát. Trong những năm góa bụa cuối đời, cô đã dành toàn bộ tháng tám và ngày mười tám mỗi tháng ở một mình trong căn phòng của mình, điều này ảnh hưởng tiêu cực đến sức khỏe tâm lý của bà.[147][148] Bà nói về cảm giác của mình sau khi chồng mất: "Ai gia hiện tại hầu như không biết gì hết, ai gia bây giờ giống như một con thú không có sức sống và mục đích để sống."[147]

Ngay sau khi kế vị hoàng đế, Joseph không có nhiều lãnh địa bằng cha của ông đã có năm 1740. Tin tưởng rằng hoàng đế phải có đủ lãnh địa để duy trì tính toàn vẹn của Đế quốc, Maria Theresia, người đang nắm quyền quản lý nhiều vùng lãnh thổ rộng lớn của mình, tuyên bố Joseph là đồng cai trị với bà trên 17 tháng 9 năm 1765.[149] Từ đây, hai mẹ con thường xuyên bất đồng ý kiến với nhau.[150] Gia tài 22 million gulden mà Joseph thừa hưởng từ cha ngay lập tức bị sung vào ngân khố. Maria Theresia gặp một mất mát nữa bởi cái chết của Haugwitz tháng 2 năm 1766. Bà giao cho con trai quyền kiểm soát quân đội sau cái chết của Bá tước Leopold Joseph von Daun.[151]

Theo như Robert A. Kann, Maria Theresia là một quân chủ có trí tuệ trên trung bình nhưng kém hơn hai người con trai, Joseph và Leopold.[152] Ông khẳng định rằng bà vẫn sở hữu những phẩm chất được đánh giá cao ở một vị vua: trái tim ấm áp, suy nghĩ thực tế, tính quyết đoán và khă năng nhận thức cao. Quan trọng nhất, bà sẵn sàng nhận ra sự vượt trội về trí tuệ của một số cố vấn so với mình và sẵn sàng lắng nghe ý kiến đóng góp của các bộ trưởng của mình ngay cả khi ý tưởng của họ khác với mình. Joseph, tuy nhiên, đã không bao giờ có thể thiết lập mối quan hệ tốt với các cố vấn, mặc dù quan điểm chính trị của họ gần gũi hơn với Joseph hơn là Maria Theresia.[152]

Mối quan hệ giữa Maria Theresia và Joseph là không phải là hoàn toàn lạnh nhạt nhưng thực là phức tạp khi hai tính cách đối lập của họ đụng độ nhau. Mặc dù là người thông minh, nhưng thế lực của Maria Theresia thường Joseph thu mình lại. Đôi khi, bà công khai ngưỡng mộ tài năng và thành tích của con trai, nhưng chỉ trích ông ta sau lưng..[153] Bà viết: "Ai gia với Hoàng thượng không bao giờ nhìn mặt nhau ngoại trừ trong bữa ăn... Tâm tính của hoàng thượng tệ đi mỗi ngày... Làm ơn đốt bức thư này đi... Ai gia không muốn vướng phải scandal nào."[153] Trong một bức thư khác, gửi đến một người bạn của Joseph, bà phàn nàn: "Hoàng thượng tránh né ai gia... Ai gia là chướng ngại duy nhất của Ngài, và vì thế là một gánh nặng... Thoái vị có lẽ là cách hay nhất lúc này để giải quyết mọi chuyện."[153]

Sau nhiều lần suy xét, bà quyết định không thoái vị. Joseph thường đe dọa mẹ mình là sẽ từ chức đồng nhiếp chính và hoàng đế, nhưng ông cũng đã không làm như vậy. Bà thường đe dọa sẽ thoái vị, nhưng hiếm khi thực hiện nghiêm túc; Maria Theresia tin rằng sự hồi phục của bà sau bệnh đậu mùa vào năm 1767 là một dấu hiệu cho thấy Chúa muốn bà để trị vì cho đến khi chết. Đó là vì lợi ích của Joseph vì bà cho rằng nếu bà nắm quyền trong tay, hoàng đế có thể đổ lỗi cho bà khi gặp thất bại nào đó và do đó tránh được gánh nặng trách nhiệm của một vị vua.[153]

Joseph và Hoàng tử Kaunitz chia nhau phân vùng thứ nhất của Ba Lan dù có sự phản đối của Maria Theresia. Ý nghĩ của bà khi từ chối ý tưởng phân chia là nếu làm như thế sẽ làm tổn thương người dân Ba Lan. Hai người kia này lập luận rằng đã quá muộn để hủy bỏ sắc lệnh phân chia lúc này. Bên cạnh đó, Maria Theresia phải đồng ý với sự phân vùng khi bà nhận ra rằng Friedrich II của Phổ và Yekaterina II của Nga sẽ làm điều đó dù có hay không sự tham gia của Áo. Maria Theresia đòi hỏi và cuối cùng không có được Galicia và Lodomeria, một tỉnh tuyên bố được chủ quyền của quốc vương Hungary kể từ thế kỷ thứ 13; theo lời của Friedrich, "Bà ta khóc càng nhiều, bà ta mất càng nhiều".[154][155][156]